- علینقی مشایخی، ارزیابی نظام برنامه ریزی کشور در عمل و چند پیشنهاد اصلاحی، برنامه و توسعه، بهار 1363.

- علینقی مشایخی، کمبود نیروی متخصص و توسعه اقتصادی، برنامه و توسعه، زمستان 1364.

- علینقی مشایخی، چارچوبی برای نظام کنترل بودجه عمرانی کشور، استقلال پائیز 1363.

- علینقی مشایخی، عملکرد نامطلوب طرحهای عمرانی و مسئولیت دولت و مجلس شورای اسلامی، مجله برنامه و توسعه، پائیز 1371.

- علینقی مشایخی، استراتژی مالی توسعه منابع آب در ایران، دانش مدیریت، زمستان 1371.

- علینقی مشایخی، اثر سیاست تعیین نرخ ارز بر تورم در یک اقتصاد صادر کننده نفت، برنامه و توسعه، بهار 1371.

- علینقی مشایخی، نقش مدیریت در انتقال تکنولوژی، دانش مدیریت، بهار 1372.

- علینقی مشایخی، درآمدنفت: وابستگی فزاینده در گذشته و استفاده عقلائی درآینده، برنامه و توسعه، تابستان 1373.

- سيروس عليدوستي، علینقی مشایخی، علي اكبر فرهنگي، منصور مومني، بررسي عوامل كليدي موثر بر كاربرد فناوري اطلاعات در سازمانهاي دولتي ايران: كاربرد روش دلفي، مدرس علوم انساني‌، پائیز1384.

- علینقی مشایخی،  محمد ابویی اردکان،  مفهوم و روشهای اندازه گیری همردیفی در مطالعات اقتضائی مدیریت، فصلنامه دانش مدیریت، بهار 1385.

- سعید پورمعصومی، سیدنادر شتاب بوشهری، بهروز ارباب شیرانی، علینقی مشایخی، یک مدل دینامیک سیستم برای تجزیه و تحلیل سیستم اقتصاد – انرژی ایران، علمی پژوهشی شریف 1389.

- علینقی مشایخی، علی عسکری نژاد، نوسازی استراتژیک از منظر یادگیری سازمانی: بررسی تجربی مدل 4ت، تابستان 1389.